Förutom Nacka FC spelade också 31 andra lag i Pojkar 13 Svår (född 2004). De var uppdelade i 8 olika grupper, varav Nacka FC började i Grupp 2 tillsammans med Tyresö FF Strand 2, Hägersten SK 1 och IFK Haninge P04:1 vitt.

Nacka FC tog sig vidare till Cupspel efter att ha hamnat på 2:a plats i Grupp 2. Väl där säkrade de en förstaplats i slutspelet efter att ha slagit IFK Haninge P04:1 vitt med 1-0 i finalen. Nacka FC vann alltså Cupspel i Pojkar 13 Svår (född 2004) under ST-Cupen 2016.